Program Studi Magister Farmasi Klinik (Prodi MFK) Fakultas Farmasi UGM didirikan pada tahun 2004 berdasarkan SK DIKTI no 4381/D/T/2004 untuk mengakomodasi kebutuhan tenaga Apoteker yang ahli di bidang farmasi klinik. Program Magister Farmasi Klinik diselenggarakan dengan penekanan pada penguasaan materi dan praktek klinik langsung di lapangan, maka diharapkan keluaran program ini akan menjadi apoteker/farmasis klinis yang handal untuk mendukung pelayanan kefarmasian berorientasi pasien. Pada tahun 2016, Program Magister Farmasi Klinik UGM telah dinyatakan terakreditasi A (sangat baik) berdasarkan SK Lembaga Akreditasi Mandiri Perguruan Tinggi Kesehatan (LAM-PTKes) no 0476/LAM-PTKes/Akr/Mag/III/2016. Dan terakreditasi internasional Akkreditierungsagentur für Studiengänge der Ingenieurwissenschaften, der Informatik, der Naturwissenschaften und der Mathematik e. V (ASIIN). Lulusan Program Studi Farmasi Klinik UGM akan mendapat gelar M.Clin.Pharm. berdasarkan SK Rektor UGM no 106/UN1.P/SK/HUKOR/2016.
Program studi Magister Farmasi Klinik mengambil spesifikasi Pelayanan Kefarmasian pada Geriatri. Pemilihan spesifikasi prodi dipilih atas dasar peningkatan jumlah populasi geriatri di Indonesia maupun di tingkat global. Spesifikasi program didukung oleh materi kuliah topik geriatri pada mata kuliah Advanced Pharmacy Practice, Latihan Praktek Klinik Bidang Geriatri, Tesis dengan target populasi usia lanjut serta Pengabdian masyarakat dengan target populasi usia lanjut