Dalam bidang penelitian, Program Studi Magister Farmasi Klinik memiliki misi untuk meningkatkan kuantitas dan kualitas penelitian dalam bidang farmasi klinik yang berwawasan global untuk menopang pendidikan, pengembangan ilmu dan teknologi, serta penerapannya di masyarakat, dan responsif terhadap permasalahan masyarakat, bangsa dan negara.
Prodi Magister Farmasi Klinik Fakultas Farmasi UGM menyusun road map penelitian dengan melibatkan stakeholder dan civitas akademika. Hal ini dimaksudkan untuk dapat menggunakan pendekatan dan pemikiran terkini dalam pemecahan permasalahan yang ada di masyakarat. Penelitian dosen dan mahasiswa Prodi Magister Farmasi Klinik dapat berupa penelitian mandiri maupun penelitian kerjasama dengan mitra, baik dari dalam maupun luar negeri. Penelitian yang dilakukan bisa berskala lokal, nasional, maupun internasional. Penelitian di bidang farmasi klinik melibatkan banyak stake holder, terutama rumah sakit dan tempat-tempat pelayanan kesehatan serta masyarakat, yang ditujukan untuk mendapatkan luaran konsep dan/atau rekomendasi kebijakan dan pelayanan kefarmasian (Pharmaceutical care) yang lebih optimum dan meningkatkan peran Apoteker Klinis dalam sistim pelayanan Kesehatan.