Dalam bidang penelitian, Program Studi Magister Farmasi Klinik memiliki misi untuk meningkatkan kuantitas dan kualitas penelitian dalam bidang farmasi klinik yang berwawasan global untuk menopang pendidikan, pengembangan ilmu dan teknologi, serta penerapannya di masyarakat, dan responsif terhadap permasalahan masyarakat, bangsa dan negara. Prodi Magister Farmasi Klinik Fakultas Farmasi UGM menyusun road map penelitian dengan melibatkan stakeholder dan civitas akademika. Hal ini dimaksudkan untuk dapat menggunakan pendekatan dan pemikiran terkini dalam pemecahan permasalahan yang ada di masyakarat. Penelitian dosen dan mahasiswa Prodi Magister Farmasi Klinik dapat berupa penelitian mandiri maupun penelitian kerjasama dengan mitra, baik dari dalam maupun luar negeri. Penelitian yang dilakukan bisa berskala lokal, nasional, maupun internasional. Penelitian di bidang farmasi klinik melibatkan banyak stake holder, terutama rumah sakit dan tempat-tempat pelayanan kesehatan serta masyarakat, yang ditujukan untuk mendapatkan luaran konsep dan/atau rekomendasi kebijakan dan pelayanan kefarmasian (Pharmaceutical care) yang lebih optimum dan meningkatkan peran Apoteker Klinis dalam sistim pelayanan Kesehatan. Road map penelitian Prodi Magister Farmasi Klinik dapat digambarkan sebagai berikut:

 Target Riset Prodi Magister Farmasi Klinik Fakultas Farmasi Tahap 1(2018 – 2019) : Penguatan Fondasi Riset Tahap ini meliputi pemantapan roadmap penelitian Prodi, memperkuat kemitraan untuk menunjang penelitian, meningkatkan kualitas sumber daya peneliti yang berkompeten, mendorong penelitian yang terkait dengan roadmap. Tahap 2 (2020-2021) : Optimasi Riset Tahap ini meliputi penguatan kemitraan untuk menunjang penelitian, peningkatan kapasitas dosen dan mahasiswa dalam penelitian yang sesuai dengan roadmap, peningkatan jumlah publikasi nasional dan internasional, serta mendorong pembelajaran berbasis riset. Tahap 3 (2022-2023) : Akselerasi dan Pemantapan Tahap ini meliputi penguatan kemitraan untuk menunjang penelitian, peningkatan kapasitas dosen dan mahasiswa dalam penelitian yang sesuai dengan roadmap dan menghasilkan risetriset unggul yang bisa dimanfaatkan kebijakan pelayanan kesehatan, peningkatan jumlah publikasi nasional dan internasional, serta memantapkan riset sebagai basis dalam pembelajaran.

Dalam bidang pengabdian masyarakat, Program Studi Magister Farmasi Klinik memiliki misi untuk meningkatkan kuantitas dan kualitas pengabdian masyarakat dalam bidang kesehatan berbasis hasil penelitian dan memperluas jejaring kerjasama dengan mitra strategis di dalam dan luar negeri untuk memajukan kesejahteraan masyarakat. Magister Farmasi klinik, Fakultas Farmasi UGM menyusun road map pengabdian masyarakat dengan melibatkan stakeholder dan civitas akademika. Hal ini dimaksudkan untuk dapat menggunaakan pendekatan dan pemikiran terkini dalam pemecahan permasalahan yang ada di masyakarat. Kegiatan Pengabdian masyarakat di Magister Farmasi Klinik, Farmasi UGM merupakan pengabdian masyarakat yang merupakan permintaan dari masyarakat, kegiatan yang disusun oleh Tim Pengabdian Masyarakat baik yang terstruktur maupun insidental serta pengabdian masyarakat yang diselenggarakan secara mandiri oleh dosen. Roadmap Pengabdian Masyarakat MFK sebagai berikut:

Target Pengabdian Masyarakat Prodi Magister Farmasi Klinik Fakultas Farmasi Tahap 1(2018 – 2019) : Pemantapan 1. Memperluas jejaring kerjasama dalam memperkuat layanan pengabdian masyarakat di bidang farmasi 2. Mengembangkan inovasi pengabdian dengan memanfaatkan hasil penelitian maupun kajian ilmiah yang dilakukan oleh dosen dan mahasiswa 3. Berkolaborasi dengan ahli di bidang lain, agar komunikasi dan implementasi hasil penelitian dapat dikomunikasikan secara baik kepada masyarakat Tahap 2 (2020-2021) : Pendalaman 1. Memperkuat model kegiatan pengabdian masyarakat dan integrasinya dengan penelitian dan pendidikan 2. Memperkuat inovasi penelitian yang aplikatif dan kolaborasi dengan mitra untuk menciptakan budaya hidup sehat dan pemakaian obat yang tepat serta pemakaian potensi sumber daya alam untuk menopang swamedikasi Tahap 3 (2022-2023) : Akselerasi dan Pematangan 1. Memperkuat pemberdayaan masyarakat binaan menjadi kelompok masyarakat yang unggul, sehat dan mandiri dengan menggunakan sumber daya yang dimiliki 2. Memperkuat jaringan kerjasama lintas disiplin dan lintas institusi untuk akselerasi kemandirian masyarakat 3. Memperkuat sinkronisasi pengembangan pemberdayaan masyarakat untuk menopang riset di Fakultas Farmasi maupun untuk Universitas dalam bidang Farmasi berbasis pada kekayaan dan kearifan lokal